De Commissie heeft als voornaamste doel de studie van de toponymie en de dialectologie aan te moedigen. Daartoe centraliseert zij alle informaties van wetenschappelijke aard over deze disciplines. Zij geeft een jaarboek uit met het jaarverslag, en met toponymische en dialectologische studies van de leden of van geleerden die niet tot deze Commissie behoren.
De Commissie is eveneens een adviesorgaan; de overheid kan steeds een beroep doen op haar wetenschappelijke adviezen, bijvoorbeeld inzake de keuze, de vorm en de spelling van plaats- en straatnamen.
Leden en ereleden van de Vlaamse afdeling van de Koninklijke Commissie voor Toponymie en Dialectologie voltooiden na vijf jaar vruchtbare samenwerking in 2010 hun publicatie De Vlaamse gemeentenamen, Verklarend woordenboek. Het is een standaardwerk geworden waarin alle naoorlogse gemeentenamen van het Vlaams en het Brussels Hoofdstedelijk Gewest etymologisch op een wetenschappelijke manier verklaard zijn met opgave van de oudste attestaties en de betrouwbare literatuur (voor bibliografische gegevens zie: Werken van de Vlaamse afdeling, nr. 28)
In december 2016 had in het Paleis der Academiën te Brussel de presentatie plaats van Deel I van De Vlaamse waternamen. Verklarend en geïllustreerd woordenboek. Het beschreef de waternamen van de drie oostelijke provincies incl. het gewest Brussel. Vijftien maanden later, op 1 maart 2018, wordt in de Koninklijke Academie voor Nederlandse Taal- en Letterkunde te Gent de publicatie van De Vlaamse waternamen. Deel II: De provincies West- en Oost-Vlaanderen voorgesteld. De tweedelige publicatie van bijna duizend bladzijden behandelt de rivieren en beken in heel Vlaanderen en Brussel, en tracht de herkomst van hun namen te achterhalen. Voor het eerst passeren hier 9000 waterlopen de revue; het namenbestand en de up-to-date digitale cartografische gegevens van de Vlaamse Milieumaatschappij werden met succes gebruikt als onderzoeksbasis. Het boekwerk bevat pittoreske foto’s en toont originele kaarten met de verspreiding van grondwoorden of naamtypes (zie: Werken van de Vlaamse afdeling, nr. 29 en 30).